藤木稟のミステリー小説をアニメ化した第1巻。世界中の“奇跡”を調査するバチカンの奇跡調査官、平賀・ヨゼフ・庚とロベルト・ニコラスが、調査に訪れた先で奇怪な事件に巻き込まれながら、奇跡の真偽を見定めていく。第1話と第2話を収録。
藤木稟のミステリー小説をアニメ化した第2巻。再び神父が殺された。寄宿学校を創設した亡きミハイル・ブラウン司教の部屋へ潜入した平賀とロベルトは、悪魔崇拝を示す割り符の片割れを見つける。翌日、カルロスに悪魔が憑き…。第3話と第4話を収録。
藤木稟のミステリー小説をアニメ化した第3巻。情報局のローレン・ディルーカは、自室で平賀と「天使と悪魔のゲーム」を楽しみながら過去に思いを馳せる。数年前、ローレンは重要人物としてバチカンに拘束されていて…。第5話と第6話を収録。
藤木稟のミステリー小説をアニメ化した第4巻。生前に書き残した詩で、ヨハネはロベルトの死を預言していた。そのことに内心穏やかではないロベルトだが、調査に没頭する。一方、ジュリアを手伝う平賀は彼の人柄に魅了され…。第7話と第8話を収録。
藤木稟のミステリー小説をアニメ化した第5巻。トスカーナ地方のセント・エリギウス教会では、角笛が鳴り響き教会内が虹色の光に包まれる奇跡が起きていた。平賀とロベルトは調査に赴くが、司祭は拒絶するような態度を見せ…。第9話と第10話を収録。
藤木稟のミステリー小説をアニメ化した第6巻。「首切り道化師」が起こした事件と32年前に起きた殺人事件に繋がりがあると感じた平賀とロベルト。彼らは、事件が起きた森へビル・サスキンス捜査官らと共に調査に向かう。第11話と最終第12話を収録。