謎の海洋帝国と戦う若き青年・沖進の活躍を描く。「宇宙戦艦ヤマト」の松本零士の壮大な海洋アドベンチャーコミックをＴＶ化。「ヤマト」のメインライターを務めた藤川桂介がシリーズ構成と脚本を担当。他作品との関連も盛りこまれ、松本零士ファンには嬉しい内容となっている。近未来、日本海溝では奇妙な海難事故が多発していた。原因は「海洋帝国」と名乗る謎の組織だ。祖父であり、海洋研究所所長の沖博士から託された潜水艦サブマリンスーパー99に乗り、沖進は人類を救うために旅立っていく。

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松本零士作品の原点となる壮大な海洋アクションストーリーが、「宇宙戦艦ヤマト」のメインライター・藤川桂介の手により、完全新作アニメとなって蘇る！――西暦２０ＸＸ年、日本海溝付近では謎の海難事故が続発。政府からの要請で事故に関与した疑いのある「海洋帝国」を極秘に調査することになった沖海洋研究所の所長・沖重造と副所長・沖五郎。しかし調査中、謎の潜水艦からの攻撃を受けふたりは行方不明になってしまう。出発の直前、ふたりから「９９」と刻み込まれた鍵を受け取った重造の孫で五郎の弟・沖進は深い悲しみの中で真相を突き止める決意をするのだが…。 JAN:9999200296825